Да, поддомены аффилируются. В Яндексе невозможно найти пример (по крайней мере у меня не получилось), держащийся несколько апдейтов, когда основной домен и поддомен отображаются в поисковой выдаче по одному и тому же слову.

В связи с этим, когда встает вопрос развития сайта с помощью поддоменов, то нужно четко понимать, что невозможно будет раскрутить их по одним и тем же запросам.

Для чего используются поддомены:

1) Для добавления кластеров поисковых слов с запросами топонимами, разделение сайта на части по региональной принадлежности.

2) Для размещения отдельного сайта в рамках крупного проекта, например, сайта индивидуума, небольшой странички компании, лэндинга.

3) Применение поддоменов в структуре каталога. Размещение разного ассортимента одной компании на поддоменах пораздельно.

4) Отделение форума, службы поддержки от основного контента сайта.

5) Поязыковое разделение информации. Если Ваш сайт поддерживает мультиязычность, то для каждого языка делается свой поддомен, а сайт на основном языке остается на основном домене.

Я советую использовать поддомены для пунктов 5, 4, 2. В случаях 1 и 3 я бы посоветовал сделать отдельные сайты, постаравшись избежать аффиляции. Вдруг в будущем понадобиться раскручивать их по одним и тем же запросам.

И да, если на старом сайте создается поддомен, то вес с основного на него перетекает только по перелинковке, никаких дополнительных трастов.